食品微生物檢驗是權衡食品衛生質量的重要目的之一，也是判定被檢食品能否食用的迷信依據之一。經過食品微生物檢驗，可以判別食品加工環境及食品衛生狀況，可以對食品被細菌污染的水平作出正確的評價，為各項衛生管理任務提供迷信依據。

常用的食品微生物檢測有：

1、微生物鑒定系統/藥敏剖析儀

細菌鑒定藥敏剖析儀適用于對病原微生物停止種類鑒定和體外抗生素敏感實驗、剖析。

檢測范圍：菌種庫2000種以上，可鑒定臨床致病菌550種以上、測試200種以上藥物的敏理性，做到細菌鑒定的自動化、規范化和藥物實驗的定量化。

可用于食品平安國度規范GB4789系列所要求的食源性致病菌（包括彎曲桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、真菌、非發酵菌、厭氧菌、副溶血性弧菌、腸桿菌、腸球菌及其它致病菌等）分別鑒定。

2、微生物檢測儀

微生物檢測儀普遍運用于活菌總數、大腸菌群、大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、綠膿桿菌、沙門氏菌、李斯特菌、糞腸球菌（鏈球菌）、酵母（酵母菌）等微生物的快速檢測。

便攜一體化，防水抗壓，可隨時隨地停止檢測。

3、微生物限制儀

有三聯微生物限制儀、六聯微生物限制儀，區別在于過濾頭是3個還是6個。采用不銹鋼金屬資料制成，配有內置隔膜液泵，不需外接抽濾瓶，液體直接經過隔膜液泵掃除，增加了抽濾瓶運用上的繁瑣，防止了銜接不好形成抽濾速度慢等缺陷。

4、ATP熒光檢測儀

ATP含量可以明晰地標明樣品中微生物與其他生物剩余的多少，用于判別衛生狀況